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年収の高低という第3ファクターがありそう。

年収が高い人のほうが都市部に住める
年収が高い人のほうが広い家に住める

>夫の通勤時間が10分長くなると、第2子が生まれる確率が4%減ることが統計上、認められた。

>第1子が生まれた時の住まいののべ床面積が1平方メートル広くなると、第2子が生まれる確率が3%高くなった。
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元データと解析方法を見ていないのでなんともですが、
第1子出産時の母の年齢や年収など、
第2子誕生に影響するであろう因子は多数あります。

そのような交絡因子をどのように評価しているのかによって、
このデータは全く意味のないものかもしれません。

多くの因子がある中で、単一因子だけをピックアップして、こういう違いがあった、というのは、あくまでそういう傾向があるとしかいえず、そこに因果関係があることの根拠とはなりません。

大規模なデータから得られる情報はもっと有意義になりえると思います。建設的な議論に結びつく分析を期待します。
必要なのは都内に安く住める工夫ではなく夫が家事育児をできる仕組みです。第一子のときの夫の育児時間がその後第二子の出生の確率に影響し、家事育児時間がゼロだった人はその後11年間第二子が生まれる確率は1割でした
「通勤時間を短くする」ことも、解決策の一つなのかもしれませんが、第2子誕生を阻んでいる(ないしは出生率を下げている)ファクターには、様々なものが影響していると思います。本気で議論するなら、さらに踏み込んだ分析と考察が必要かもしれませんね。

ともかく、パートナーが一緒に育児ができる時間を増やすことは重要だと思います。敢えて「財務省」が調査結果からネクストアクションを導くのであれば、予算編成をテレワークでできるようにしたり、長時間化しがちな予算編成時期の残業を、しっかりと減らす取り組みを行ったら良いと思いますよ。「隗より始めよ」ではないでしょうか。
都内に安く住めるようになることが大事なのではなく、郊外に住んでてもリモートワークで都内に毎日通勤しなくて良くなることが大事なのでは。都内の物件の数は限られてますから。
あくまで第2子誕生との関係に限ればそうなのかもしれませんが、テレワークとかで通勤時間が短くなれば少子化対策に効果的かというと微妙だと思います。
テレワーク進めば、それだけ外出や他人と接する機会が少なくなるわけですから、婚姻率の低下でむしろ少子化に拍車をかける可能性もあると思います。
経済的に余裕が無ければ、広くて通勤時間の短い家にも住めないし、(家の広さや場所に直接関係なく)子供も持てないだろう。

仮説が記事の最後に示唆されている「都内に住むことに公的補助を出せば少子化が解決する」なら、効果はだいぶ怪しい。
結果ありきの恣意的な因果推論しないでくれます?
百歩譲って、ここにあるように「夫の通勤時間が10分長くなると、第2子が生まれる確率が4%減る。住まいののべ床面積が1平方メートル広くなると、第2子が生まれる確率が3%高くなる」が相関だとしたら、それこそ都内の広いところに住む富裕層しか子どもを産めなくなった、という推論の方が妥当性ある。
都心に住むのも広い家に住むにも収入が必要。第二子誕生との因果関係において居住地域、広さの前に報酬が因だと思う。
「住まいの広さとも関連する1平方メートル当たりの家賃相場が1千円下がると、0・56人増えているという」

仮に50平米として5万円の家賃差。