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米国の制裁による影響
Googleのapiを利用した仕組み
EMUIだけでなく、harmony OSへの対応

厚生労働省が単独で何とか出来るものではなさそうですが、そうでもないのでしょうか。

Huaweiが排除された理由を考えると、用意された解決策が安全なのか検証が必要でしょう。
日本国内で使ってもらうには、プライバシー保護がiOSとandroidと同等なのか、無関係な情報流出の疑いが無いかなど、厚労省(開発会社)が問題無い事を保証出来るのだろうか。
Huaweiの解決策は、当然ながらHuaweiのOSと密接な連携が可能(なはず)。
日本に住む、GMS非対応のHuawei端末などを利用する日本人にも影響する。
Huawei向けにcocoaを対応させても、後で何かあれば、厚生労働省が責任を問われる。

OSや国の垣根を超えた共通の仕組みを作るか、Google apiやHuaweiの解決策を利用しない方法を考えないと、今の状況では対応が難しいと思います。