問題の六本木に住んでますが、これは一体何が問題なんでしょう？

六本木の赤坂プレスセンターことハーディーバラックスはトランプ大統領も訪日の際に使用したヘリコプター駐機場ですが、部隊が常駐しているわけではなく、主に座間基地の在日陸軍航空大隊に属するブラックホークなどが要人を都内に運ぶために飛来する場所です。
運んでいるのは大体軍の高官ですが（横須賀に空母が来ると必ず飛んできます）、たまに麻布のニューサンノーホテルや赤坂のアメリカ大使館に向かう政府関係者の時もあるようです。

問題の低空飛行ですが、恐らく羽田空港の新ルートの関係でしょう。
知っている人は知っている通り、羽田空港の新ルートは南風の場合新宿〜渋谷の真上を飛ぶのですが、新宿の上あたりでは高度750から450メートルくらいまでのかなり低空で飛んでいます。
そのルートと米軍が使用している横田ー赤坂プレスセンターのルートが新宿付近で交差するため、お互いに高度を隔離して安全を確保していると考えられます。
また北風の場合は、葛飾区上空を飛ぶので、同じようにスカイツリー近くでも高度を隔離する必要があります。

そもそも要人輸送用のヘリにあえて危険飛行させる必要など全くなく、むしろ都心上空は日米の飛行管制区域が隣接する場所のため、最大限安全に配慮していると考えれ、当然日本側にもきちんとフライトプランが出されて、承認を受けているはずです。

個人的には都心の超一等地に米軍基地があることは、正直決して快く思いませんが、地元住民にとっては日常茶飯事のことを、さも問題のように針小棒大に語るより、かつての石原知事のように横田とその管制区域の全面返還を求めるくらいのことをして欲しいです。

六本木の赤坂プレスセンターは、TBS本社からも近く、上層階からは離着陸の際の様子も見えます。プレスセンターとされますが、アメリカ大統領など要人が横田基地に降り立った際は、横田＝六本木を行き来し、その後官邸やアメリカ大使館へ陸路移動するのが常です。星条旗新聞もあり、昔はここから刷り上がった新聞を、横田や座間へ運搬することも任務だったと思います。

毎日新聞が報じたコースは、スカイツリーを周回している点で、とても特異なコースと考えられます。ここは、非公開の日米合同委員会などで、検証されるべき話ではないかと思います。

問題とされた高度、コースのうち、新宿駅よりもう少し西、ちょうどJR中野駅の真上付近が、いわゆる『横田空域』の境目となります。これより西のエリアでは、高層ビルは少なく住宅地が主です。この空域を低空の米軍ヘリが通過する様子は、私個人も何度も目撃しました。日本の「空」は、いまもまだ自由化されていないことを実感する瞬間です。

以前会社から見えた時は、六本木の赤坂プレスセンターへの離着陸のためかと思っていましたが違ったのですね。「日本のヘリであれば航空法違反にあたる高度３００メートル以下の低空飛行」とのこと

続きはこちらの記事です
歌舞伎町→上野→浅草　危険飛行の米軍ヘリ、都心で何を？（毎日新聞）
https://newspicks.com/news/5639463/

これちょうど家の上を飛んてるからよく知ってるけど。一日数回は隅田川沿いを浅草に向かって往復してる。

観光にしても毎回同じルート過ぎて、よく飽きないなと思うけど。

マスコミお得意のトリック撮影？

新聞「米軍ヘリがベイブリッジに低空接近している写真。危険と思わない人はいないのでは」→ 望遠レンズの圧縮効果で近く見えるだけ？検証したらかなり離れていた https://togetter.com/li/1143170

緊急事態宣言が宣告された後マスコミが密を演出する為に圧縮効果を使った模様 https://togetter.com/li/1649440