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マイナンバーと紐付けすること自体は網羅性という意味で良いと思います。

あとは運用面で現場が混乱しないよう、河野大臣の剛腕に大きく期待したいですね。マイナンバー制度が中途半端にしか機能していない状況も一気に改善していただきたいものです。。。
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この取り組みは、コロナ対策において、とても重要な一手です。

コロナワクチン接種においては、国民のどれくらいの割合が接種したのか、また、地域の何%の人が接種しているのかを把握する事は集団免疫の効果を把握するためにもとても重要です。また、ワクチンを接種した人が感染したかどうか、重症化したかどうかを知る事で、ワクチンごとの有効性の評価も同時に行えます。

コロナワクチンを普及させたが、効果あるのかどうかわからないという状態では自信を持って次の一手を打つ事ができません。

効果を正しく把握し、将棋の様にコロナを追い詰めていく事が重要であり、その一手として、とても重要な政策だと思います。
状況把握や分析のため、共通IDであるマイナンバーを利用してデータを管理するのは総論やるべきだと思います。

一方でマイナンバーカードの普及率はまだ24%と低いので、ワクチン接種を遅らせるわけにはいかないことを考慮すると紐付けは任意で進めざるを得ないのでは。。もしそうであれば、紐付けに対するインセンティブ設計が非常に重要に思えます。

(追記)
クーポン番号発行する際に予めマイナンバーと紐付けしておくだけであれば、みなさまコメントされている通り、実際ワクチン接種にて提示が必要なのは郵送されるクーポン番号だけになりそうですね。早とちりでした。
接種履歴が適切に管理されるのは良いこと。特に今回のワクチンには必要な措置。それを国民の一意なIDであるマイナンバーで行うのことに違和感ありません。

今後も、子供の頃に受けるワクチンとかも、「○年~○年生まれの人は基本的に受けている」じゃなけて、一人一人接種履歴が残っていて、個人が照会できるようになるといいなあ。自分が昔になんのワクチン接種したか、親に聞かないと分からないし。

※文章を引用しようと思ったけど、コピー禁止みたい。
10万円給付の時の大混乱がどうしても目に浮かんでしまいます。マイナンバーカードの申請に何時間も役所に並ぶ人、Webで入力された情報を2人1組で確認して打ち直す役所の職員。今回は紐付けだけで、そうはならないのでしょうが、どのような対策をとっているのか説明してほしいです。地方紙をみていると、ワクチン接種に各自治体がどれほど不安を抱えているかという記事であふれています。全員接種をしなくなり、現場にはノウハウがなく、医師も場所も伝達手段も足らないのが、今の日本です。河野大臣の手腕に期待します。
会見を拝見しました。
新たに任命された小林史明大臣補佐官が同席されており、
実務を仕切るチームは小林氏が平井デジタル担当大臣の
バックアップを受けて組成するということ。
小林史明衆議院議員は、自民党中堅の中でも、デジタル分野
に最も知見のある一人。
既に、全ての国会の委員会等の役職を辞任して、今回の任務を引き受けると
公表しておられ、強いコミットメントでしっかりとミッションを遂行してくれると期待しています。
実はマイナンバーとマイナンバーカードは一緒ではない。紐付けはマイナンバーが重要なのであって、必ずしも物理的なカードは必要ない。にもかかわらず「カード」にこだわってきた総務省はじめとする政府方針(暗黙的)がこれを機に大転換してくれればいいな。
マイナンバーカードが無くても受けられるって周知してください!住民は全員マイナンバー持っているわけだから、紐づけるかどうかは役所内の管理の都合であって住民は気にしなくても良いのでは。
マイナンバーがなぜ普及しないかといえば、持っていてもほとんどメリットを感じ無いから。
身元確認など、様々な用途の一つでいいんじゃないでしょうか?

早く運転免許と合体させて欲しい。
みんな持ってるマイナンバーでしょ?
当たり前でしょうね。

当然マイナンバーカードではないですよね。