記事中、「ワクチン接種の証明があるからといって、海外渡航者が他の感染予防対策を免除されるべきではない」の部分について、「ワクチン接種者＝感染させるリスクがない人」ではないため、他の対策（隔離施設に滞在等）も並行して必要という、当然のメッセージを出しているものと思います。

ワクチンの有効率90%の定義は、例えば、1000例をそれぞれワクチン接種群、プラセボ（偽薬）接種群に割り付け、結果として、ワクチン接種群10例（1%）が感染を発症し、プラセボ接種群100例（10%）が感染を発症した場合のことを言います。また、新型コロナワクチンの有効性は英アストラゼネカ製が約60％強、米ファイザーと独ビオンテック製が約90％と報道されていますが、今後変異ウイルスでは効果が変わるリスクがあります。

「ワクチンの感染抑制効果を巡って『重大な不明点』が残る」については、有効率はワクチン接種群で発症を抑えることができた指標であって、ワクチン接種群の未発症者や発症者がどの程度媒介させるかについては、「まだよくわかっていない」との意味だと推測しています。

「ワクチン接種を受けたが感染していた」という方が、対策が遅れている地域で節操なく振舞うと、深刻な感染拡大を引き起こすことが危惧されます。WHOの勧告は、そのシナリオを防ぐ目的によるものだと思います。

ロイター通信の元記事は文章量が少なく、少し行間を読む必要がありますが、補うとおおむね上記の内容でよいのではないでしょうか。また、WHOの勧告に従えば、オリンピックのための海外からの来日は、ワクチン接種のみでは困難ということだと思います。