「理屈では1ドルが50円になるまで（半値になるまで）下がり、米国と日本のペンの値段が再び等しくなるはずだ」

経済学においてもそうなるとは言いません。輸送コストもありますが、輸入と国内品との切り替えにも時間や手間など費用もありますがリスクもあります。
何よりも物価はペン単体とは別です。他のものはアメリカの方が安いかもしれません。
このようなことから、経済学でも購買力の差は、せいぜい長期的な為替レートのアンカー程度としか考えていないと言ってよいでしょう。

「経済学者の中には頭で考えるだけで現実を見つめない人も多いので、時として「現実が間違えている」というような人も見かける」

経済学者にも様々いるのでしょうが、現実が間違っているという人は見たことがありません。経済学を間違えて理解している一般の人はよく見ますが。このように経済学者とそうでない人との理解が乖離することは珍しくありません。経済学が分かったつもりになるのは厳禁ですが、学者の方がそれを埋める努力をする必要があることを痛感します。

「本稿が注目する問題は、長期間にわたって日本の物価上昇率が米国よりはるかに低いのに、日本の貿易収支の黒字が増えていないという現実があることだ」

このような誤解は貿易収支がどのようなものか理解していないことによると思われ、経済理論以前の問題です(そこも重要ではあります)。私も購買力の差による為替レートの調整は起こるにしても相当弱いと考えていますが、貿易収支の均衡と為替レートの動きとの連動性は更に更に弱いと考えています。日本製品が割安になったことで日本の輸出が増えるというのは一面に過ぎず、それによって獲得した外貨を使わずに溜め込む理由は特にはないからです。日本製品が安くなって海外から日本製品を買う動きが増えることで獲得した外貨は、結局は輸入に使わないと宝の持ち腐れです。別の日本人に外貨を売ってもその人はやはり最終的に外国のモノを買ったりすることになるでしょう。外国人に売る場合、その外貨を買う外国人は日本円を手に入れる必要があります。日本円の借金をして返さないといけないので、結局は日本人にモノを売るなどして日本円を獲得することになるでしょう。輸出が増えればいずれは輸入は増えるのです。最初は外貨を溜め込んでいた日本も高齢化に伴って使うようになり輸入も増えてきたのです。