VRで分子構造を可視化すれば、創薬がもっと「直感的」になる
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たしかに、VRで可視化することで捉え方の可能性が拡がりそう。
さらに体内の情報を出来るだけVR上で再現して、分子ロボティクスの動きをシミュレーションしたりすれば、ちょっと創薬プロセスが変わるのかな、なんて妄想しました。
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AIで(超)有名なマーヴィン・ミンスキーさんの娘さん、マーガレットさんのPhD論文のデモの一つでこんなの(haptic interface を使ったVR分子ドッキングシミュレーション)やってらっしゃいましたねぇ ムカーシ大学院生だったころ、MITメディアラボの地下にあった研究室で見せてもらいました 当時の計算機(SGIマシン!!)とゴーグル(なんでしたっけ、ヒゲの方のアノ会社の)ではちょっとムリがある感じだった記憶が それもあってか、ドッキングシミュレーション分野は計算機グルグル最適化が主流でしたが、今はずっと快適なんでしょうねぇ
1995年ですか。。(トシバレル)
https://dspace.mit.edu/handle/1721.1/29094
そういえば、ゲーム風にしてネット上の沢山の人に解かせて、それらを初期値にエネルギー最小化する?っていうのもありましたねぇ
VRにしろ最適化にしろ、「くっついた(bind)」を定義する、エネルギー関数の設計が大事かと 物理を全部解いていると時間がかかりすぎる(特にVRでは)ので、何処まで詳細を落とすのかがセンスの見せ所になりますよ(以前一人PhDやってもらいました) 可視化だけなら誰でも出来るので、このカイシャもそこが売りなんでしょうねぇ確かに「手でつかんでグリグリいじる」ことができると、立体構造は理解しやすいです。このVRシステムは学習用途にも最適ですね。
むしろ創薬用途だと、何万種類も候補化合物があって悠長に手作業でいじってられないのでは?と思います。ある程度絞ってからだと有用なのかも知れませんが。どちらかというと触媒化学分野の方で活躍しそうです。
分子の形を表す「構造式」とは亀の甲などと表現されるあの図形のことですが、ああいった図形がいっぱいもじゃもじゃと繋がった分子構造は紙の上に書くと平面的に見えますが、実際はもっと手前や奥に向かって結合が伸びた立体構造なのです。
VRではありませんが、立体構造というのがどういうものか味わってみたい方は、オンライン構造式エディタ「molview.org」にアクセスすると、マウスでグリグリいじれます。裏返してみたり回してみたり。
http://molview.org
初期設定で表示されるのはカフェイン分子です。左上の検索窓に化合物名を入れると構造を表示してくれて、とても面白いです。(僕は)
コレステロール・・・Cholesterol
ビタミンE・・・Vitamin E
などなど。