2011年（平成23年）に発生した東日本大震災の義援金に関連するシステムトラブルを受け、同年5月、旧みずほ銀行が2013年（平成25年）春をめどにみずほコーポレート銀行と合併することが発表された。

2013年（平成25年）7月1日、従前のみずほ銀行は（法人格として）みずほコーポレート銀行（CBK）に吸収合併された（法人格とSWIFTコードなどはCBK側、統一金融機関コードなどは旧みずほ銀行側を継承）。それに併せて、行名をみずほ銀行に改称した。これにより、同行はみずほフィナンシャルグループにおける中核銀行となった。

なお、本店は旧みずほコーポレート銀行本店を継承したが、2014年（平成26年）5月7日に大手町タワーへ移転した。

旧みずほコーポレート銀行店舗においては、同店管轄のATMが設置されていない。東京法人営業部、兜町証券営業部以外の店舗では同じ建物に併存する、または近隣にある従前からのみずほ銀行店舗管理によるATMが設置されている。また、システム統合までの間、旧CBKの店舗には、識別マーク（）が付けられていた（旧みずほ銀行の営業部・支店には、特に識別マークはつけられなかった）。また、付きの店舗では、既存の顧客の口座移管（付き店舗間に限る）や口座の増設を除き、当面、新規の口座開設は原則行わないとされていた。